Nanobind UL library prep kit，產(chǎn)品型號(hào)：900-601-01 。

Nanobind UL library prep kit，描述：

高通量和超長(zhǎng)讀取(100 kb-1+Mb)現(xiàn)在齊頭并進(jìn)，可以成為您實(shí)驗(yàn)室的常客與Nanobind超長(zhǎng)測(cè)序。該方法已被用于生成長(zhǎng)的測(cè)序數(shù)據(jù)。我們?cè)?020年1月以2.44 Mb的讀取量打破了之前的2.3 Mb記錄。幾個(gè)月后，我們以290萬的讀取量打破了這一記錄。最近，牛津納米孔以他們自己的4.1 Mb的讀取量打破了我們的記錄。

最高的讀長(zhǎng)度和吞吐量組合

與以前的超長(zhǎng)測(cè)序方法相比，這種新方法的吞吐量提高了10-100倍。在廣泛的樣本類型中，始終獲得1-2+Mb的最長(zhǎng)讀取，50-100+kb的讀取長(zhǎng)度N50，以及10-20+Gb的MinION吞吐量和50-100+Gb的PromethION吞吐量。

此方法旨在100+kb和200+kb讀取的數(shù)據(jù)量。雖然該方法可以用于生成超過200 kb的讀取長(zhǎng)度N50，但超長(zhǎng)數(shù)據(jù)吞吐量實(shí)際上可以通過更溫和的讀取長(zhǎng)度N50 (50-100 kb)。秘訣在于保持高毛孔占有率。

該方法

首先，使用適當(dāng)?shù)腘anobind試劑盒(CBB，植物核或組織)提取UHMW(50 kb1+Mb)DNA。我們開發(fā)了全新的UHMW DNA提取方案，從而降低了DNA的粘性，提高了測(cè)序吞吐量，甚至延長(zhǎng)了讀取長(zhǎng)度。

每個(gè)Nanobind UL庫(kù)準(zhǔn)備套件配有一個(gè)UHMW DNA輔助套件，與適當(dāng)?shù)腘anobind套件一起用于UHMW DNA提取。

然后，將Nanobind UL文庫(kù)準(zhǔn)備試劑盒與Oxford Nanopore超長(zhǎng)DNA測(cè)序試劑盒(SQK-ULK001)結(jié)合使用，制備UHMW DNA進(jìn)行測(cè)序。基于轉(zhuǎn)座酶的方法用于將測(cè)序適配器和馬達(dá)蛋白添加到UHMW DNA中。ONT試劑盒包含所有酶和試劑。我們的工具包包含Nanobind磁盤和緩沖區(qū)執(zhí)行反應(yīng)清理。與磁性顆粒不同，我們的磁性Nanobind磁盤可以在不剪切的情況下快速純化兆酶DNA，首先在提取中，然后在文庫(kù)準(zhǔn)備中。

與其他超長(zhǎng)測(cè)序方法相比，這種新方法不使用快速測(cè)序試劑盒(SQK-RAD004)。與Oxford Nanopore合作，對(duì)提取、文庫(kù)準(zhǔn)備和測(cè)序進(jìn)行了基礎(chǔ)優(yōu)化，以實(shí)現(xiàn)高孔隙占有率，從而大幅提高產(chǎn)量。它與MinION, GridION和PromethION兼容，并對(duì)核酸酶沖洗反應(yīng)良好。

標(biāo)準(zhǔn)的Nanobind超長(zhǎng)測(cè)序協(xié)議生成一個(gè)6倍的MinION庫(kù)或3倍的PromethION庫(kù)，該庫(kù)被拆分并按順序加載到相同的流式細(xì)胞上，通過核酸酶沖洗間隔以最大限度地提高吞吐量(每個(gè)流式細(xì)胞3次加載，每次24小時(shí))。MinION/GridION/PromethION使用相同的協(xié)議。

該方案最初是在培養(yǎng)的細(xì)胞、細(xì)菌、人血和有核血液樣本上開發(fā)的。從那時(shí)起，它已經(jīng)擴(kuò)展到動(dòng)物組織和植物樣本。改進(jìn)讀取長(zhǎng)度和進(jìn)一步擴(kuò)大樣本類型的工作正在進(jìn)行中。

包括:

1.NAF無醇結(jié)合緩沖液

2.WAF無酒精洗滌緩沖液

3.EB +洗脫緩沖

4.6x Nanobind磁盤

每個(gè)套件可用于運(yùn)行6個(gè)流單元，使用3X庫(kù)。

還包括與適當(dāng)?shù)腘anobind試劑盒結(jié)合使用的UHMW DNA輔助試劑盒，以執(zhí)行UHMW DNA提取。每個(gè)輔助套件包含:

1.10X 紅細(xì)胞裂解緩沖液

2. 蛋白酶K

3.核糖核酸酶一

4.CLE3消化緩沖液

5.ULL裂解/結(jié)合緩沖液

6.CS消化補(bǔ)充劑

上海牧榮生物科技有限公司

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